宗教團體座落土地之地目或所有權不符合土地使用規定，得依地籍清理條例或非都市土地使用管制規定向本局申請變更。

宗教土地建物合法化流程圖說明：

1. 非宗教用土地：若為都市計畫土地，可透過都市計畫通盤檢討，成為宗教用地；若非都市土地，則可透過用地變更興辦事業計畫，成為宗教用地。
2. 宗教用地：轉為宗教用地。
3. 建物使用執照：新設立之建物，應申請建照、使照；舊有建物應補照。
4. 寺廟登記證：新設立應辦理寺廟登記證；正式登記與補辦登記之寺廟，分別以淺黃、淺綠色紙自行印製。